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顺治皇帝当时正为顺天科场案恼火，接到阴应节的奏疏后，赫然震怒。他立即召来方玄成询问究竟。往昔顺治皇帝对方玄成优渥眷顾，都是亲切地称呼他的号“楼冈”，从不直呼其名，还经常说“方学士面冷，可做吏部尚书”，但此刻却是翻脸无情，声色俱厉。方玄成如实告诉皇帝说：他们方家出自安徽桐城，已历数世，而江南主考官方猷是浙江人，从未同宗，他弟弟方章钺根本不在回避之列。事情显而易见，阴应节是诬奏之词。顺治皇帝这才颜色稍缓，但又口气严厉地告诉方玄成说：“此案既然要从严办理，方章钺亦不能例外。”方玄成深知伴君如伴虎的道理，何况天子正在气头上，因而除了附和外，别的话再不敢多说。
之后，顺治皇帝暗中打听江南闱的情况，结果宫中太监找来《万金记》和《钧天乐》的刊刻本。皇帝看过后，本来还对其中的情节半信半疑，但听说《钧天乐》是尤侗所写后，立即转变了态度。
尤侗，字展成，号西堂，江苏长州人。少时便有神童之誉。后加入吴兆骞主盟的慎交社，遍交江南名士。他的诗写得情真性灵，且在文体上体现出极大的开拓性和创造性，被吴伟业称为“骚坛盟主”。尤侗有一篇写西厢《临去秋波那一转》的时文，深为顺治皇帝赏识。顺治皇帝多次向身边人称赞尤侗，说他是“真才子”，“极善作文字”，还将尤侗极富文采的《讨蚤檄》一文展示给翰林院学士们说：“此奇文也。”
在这样的背景下，顺治皇帝完全相信《钧天乐》中所描述的科场弊端情形是事实。他因而下定了决心，一定要严办。一道上谕颁行江南：“据奏南闱情弊多端，物议沸腾，方猷等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方猷、钱开宗并同考试官，俱着革职，并中试举人方章钺，刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐（时任两江总督，两江即江南、江西两省）速行严查明白，将人犯拿解刑部。方拱乾着明白回奏。”
方猷、钱开宗当时已经回到北京，立即被革职下狱，等待调查。同考官李上林、商显仁、叶楚槐、钱文灿等人是来自浙江各县的举人以及进士出身的知县，也同时被革职，结果相关县地的衙门为之一空。两江总督郎廷佐接到圣旨后自然不敢怠慢，联同漕运总督亢得时，迅速展开了调查。又听说京城同考官李振邺等人已经掉了脑袋，更加惶恐不安，唯恐祸及己身。在这样的前提下，郎廷佐能查到事实真相还好，查不到事实真相势必要找出几个替罪羊来。
詹事方拱乾无辜受此牵连，倒也没有惊慌，因为他自己很清楚，阴应节的奏疏不过是凭白诬陷之词，因此明白地声辩说：“臣籍安徽，与主考方猷从未同宗，故臣子章钺不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。”
方拱乾父子作为壮年新进的书生，不仅对党争的残酷性知之不深，对当时的时局也没有清醒的认识。清朝以异族入主中原，对汉人士族十分警惕。多尔衮执政时，对汉人大臣一向采取猜疑、压制的态度。前面提到的南北党争中南方大臣陈名夏、龚鼎孳与北方大臣冯铨争斗，多尔衮公然庇护名声很坏的冯铨，就是因为冯铨是最早剃发留辫的汉人大臣之一，远比陈名夏、龚鼎孳对清朝更为忠心耿耿。